Északról a Duna folyam és az Ipoly folyó nem csak igazgatóságunk határaként, de országhatárként is vízválasztó szerepet tölt be. Bár határvizeknek tekintjük mindazon felszíni és felszín alatti vizeket, melyek az országhatáron áthaladnak, határt képeznek, vagy határfolyóba torkollanak, legkiemelkedőbben a Duna és az Ipoly folyók tűnnek szembe. Ebből fakadóan Igazgatóságunk a Magyar-Szlovák Határvízi Bizottság két albizottságában is jelentős szerepet tölt be. Az albizottságok feladata a nemzetközi vízdiplomáciai együttműködés és a szakmai információcsere gyakorlati megvalósítása.
A Közös Vízminőség-védelmi és Hidrológiai Albizottság keretein belül a két fél rendszeresen tájékoztatja egymást az árvízvédelmi és vízminőség-védelmi kárelhárítási tevékenységéről, valamint a kárelhárításban való jártasságáról. Határvizeket érintő havária esetén a kölcsönös megállapodás alapján azonnal értesítik egymást az észlelt szennyezésről, illetve arról, hogy az várhatóan milyen hatást gyakorol a határvízre. Szükség esetén a két ország segítségnyújtást végez a kárelhárítás érdekében. Ezen albizottság keretein belül működik a Hidrológiai Szakértői Csoport és a Vízminőség-védelmi Szakértői Csoport. A Közös Albizottság a Magyar-Szlovák határ menti vízügyi igazgatóságokat fogja össze és koordinálja hidrológiai és vízminőség-védelmi kérdésekben.
A Hidrológiai Szakértői Csoport működése keretében a felek közös vízhozamméréseket végeznek, illetve a nemzetközi megállapodásnak megfelelően a határvizek vízgyűjtőin mért hidrológiai adatokat megosztják egymással. A Vízminőség-védelmi Szakértői Csoport a határvizeken a közös vízminőség-vizsgálatokat koordinált körülmények közt végzi, melynek eredményeit szakmai egyeztetés keretében értékelik ki.
A Magyar-Szlovák Határvízi Bizottság Ipoly Albizottsága keretében a felek közvetlen szakmai kapcsolattartást folytatnak, és kölcsönösen beszámolnak a folyót érintő beavatkozásokról, engedélyekről, valamint tájékoztatják egymást a vegetáció fenntartása során elvégzett munkálatokról, elhárított áramlási akadályokról. Az albizottság keretein belül a két ország közötti folyószakasz karbantartása, a határhidak létesítése, illetve az ezzel kapcsolatos engedélyek cseréje történik. A határfolyót érintő esetekben a felek közösen pályáznak és vesznek részt nemzetközi és térségi projektek megvalósításában.